Fim das parcerias, o rebaixamento e a volta por cima (2007-2011)

Ronaldo, principal jogador da equipe na temporada 2009 e 2010.

Em 2007, a MSI deixou o clube, juntamente com seus principais jogadores - Tevez, Mascherano, Roger e Gustavo Nery. Pressionado, o presidente Alberto Dualib também deixou o cargo, que ocupava havia mais de uma década. Ainda naquele ano seriam realizadas eleições para a escolha de um novo presidente, tendo sido eleito Andrés Sanchez, considerado um "ex-aliado" de Dualib por ter deixado o cargo que ocupava naquela administração e se tornado um opositor tanto do então presidente quanto de Joorabchian. Com a saída do MSI, iniciou-se um período de instabilidade tido como "a pior crise" da história do time, que culminou no rebaixamento para a Série B do Campeonato Brasileiro. Para a temporada 2008, o clube investiu em rentáveis projetos de marketing, reformulou a equipe de futebol e contratou o técnico Mano Menezes. A equipe foi vice-campeão da Copa do Brasil e faturou o Campeonato Brasileiro da Série B, que lhe garantiu a volta para a divisão principal do futebol do país. No final daquele ano, a diretoria corintiana acertou a contratação de Ronaldo Fenômeno. Em 2009, o clube fez um grande primeiro semestre. Embalado por boas atuações de Ronaldo e de jogadores da base que havia disputado a Série B em 2008 - como Dentinho -, o Corinthians sagrou-se campeão paulista invicto e da Copa do Brasil. Na temporada seguinte, quando o clube comemoraria seu centário, o Corinthians reforçou-se com Roberto Carlos para a disputa da Taça Libertadores. No entanto, o clube foi eliminado nas oitavas-de-final para oFlamengo. Mano Menezes foi convidado para dirigir a seleção brasileira e deixou o comando do time. O clube, que terminou a temporada dirigido por Tite, disputou a liderança do Brasileiro com o Fluminense, mas acabou na terceira colocação. Ainda naquele ano, foi anunciado a construção do seu novo estádio, no bairro de Itaquera.

Em 2011, a equipe foi eliminada logo na primeira fase da Copa Libertadores da América, diante da equipe colombiana Deportes Tolima. Após um vice-campeonato no Campeonato Paulista, o Corinthians conquistou o seu quinto título nacional no Campeonato Brasileiro de 2011, no mesmo dia em que Sócrates, um dos maiores ídolos da história do clube, havia falecido.